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Lab Research and Current Projects
The aim of Dr. Shoda's research program focuses on studying the pathogenesis, optimizing the diagnosis and monitoring, and contributing to personalized medicine of severe allergies (e.g., eosinophilic gastrointestinal disease). Currently, the Shoda Research Lab is working on profiling and endotyping eosinophilic gastrointestinal disease and its molecular and genetic contributors.
正田研究室は、好酸球性消化管疾患などの重症アレルギー疾患の病態解明、診断とモニタリングの最適化、個別化医療・精密医療への貢献を目的としています。現在、正田研究室では、好酸球性消化管疾患とその分子的・遺伝的要因のプロファイリングとエンドタイピングなどに取り組んでいます。
Molecular Diagnostic Panels, Blood Biomarkers,
Disease Endotypes and Mechanisms for Eosinophilic Gastrointestinal Disorders
好酸球性食道炎（EoE）の研究は近年大きく進展しましたが、EoE以外の好酸球性消化管疾患については、より正確な診断ツールが求められています。私たちの研究は、EGIDのトランスクリプトームを同定し、分子診断やバイオマーカーに応用することを目標としています。遺伝子発現プロファイルに加えて、好酸球性胃炎（EoG）、好酸球性十二指腸炎（EoD）、好酸球性大腸炎（EoC）など、非EoEのEGIDを評価する血液バイオマーカーの特定に取り組んでいます。Rothenberg CURED Labとの共同研究、Consortium of Eosinophilic Gastrointestinal Disease Researchers（CEGIR）との連携により、各EGIDにおける特異的なトランスクリプトームを同定し、組織および血液ベースの評価プラットフォームを開発しています。
Combinatory Effects of Genetic Variants in Eosinophilic Esophagitis
近年の研究の進展により、EoEは遺伝子変異と関連していることが示唆されていますが、単一の変異体を個別に検査することは、これらの変異体がどのように相互作用しているか、また、これらの相互作用がどのように疾患をもたらしたり影響を与えたりするのかを考慮することにはなりません。このプロジェクトでは、EoEに関連する変異がどのように相互作用し、これらの相互作用が疾患の特徴にどのような影響を及ぼすかを評価します。さらに、EoE発症の可能性を予測するために、関連する生物学的経路に基づくリスクスコアを開発しています。
Characterizing the Effects of Genes/Variants Using Ex Vivo Disease Modeling Systems
ヒトの病態を再現した疾患モデルは、疾患の病因における遺伝子や遺伝子変異の重要性を裏付けるのに有用です。正田研究室では、患者由来の生検の活用に加え、CRISPR-Cas9によるゲノム編集を施したヒト人工多能性幹細胞（iPSC）からの最先端の3次元in vitro消化管オルガノイド培養系（食道、胃、小腸、大腸）を用いて、遺伝子データと定量的な表現型情報を迅速に結びつけ、個々の遺伝子評価に役立てています。
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